Due mesi dopo, in luglio, fu creata la Repubblica Cisalpina. Nel susseguirsi rapidissimo e molte volte incomprensibile sia per gli amministratori locali che per la gente comune, di nuove, rivoluzionarie e instabili leggi e ordinanze, la valle cambiò più volte ordinamento: già il 5 novembre la Repubblica Cisalpina venne suddivisa in 20 dipartimenti e la Valle Camonica venne a sua volta suddivisa in più parti, non certo territorialmente omogenee e in modo totalmente incomprensibile per i Camuni e per coloro che vivevano e lavoravano sul territorio. La nuova suddivisione dipartimentale, non tenendo assolutamente conto dell'orografia del terreno e delle tradizioni politiche e storiche della zona, con varie diverse aggregazioni, venne ricavata a tavolino, a Milano, consultando alcune delle vecchie e non molto precise carte militari redatte dai cartografi della Repubblica Veneta che risalivano alla fine del 1600 e che da allora non erano state più aggiornate. Questa impostazione geo-politica fu tracciata da tecnici, burocrati, funzionari e da militari francesi e fece si che la maggior parte della Valle Camonica venne aggregata al dipartimento dell'Adda e dell'Oglio, mentre la valle del Grigna (con i comuni di Esine, Berzo e Bienno) entrò a far parte del dipartimento del Mella a cui era collegata fisicamente solo con il difficile e non sempre percorribile passo di Crocedomini mentre geograficamente era ed è sempre stata una valle strettamente inserita nella stessa Valle Camonica a cui era direttamente collegata da brevi, numerose e ben tenute vie di comunicazione. Il dipartimento del Serio arrivava invece fino a Dezzo e comprendeva anche la Val di Scalve. Il dipartimento dell'Adda e dell'Oglio aveva come capoluogo Morbegno e tutti i numerosi uffici amministrativi e logistici erano stati posti in una sede staccata a Sondrio in Val Tellina. La Valle Camonica, nella sua maggior parte, proprio quella sotto il dipartimento dell'Adda e dell'Oglio, fu suddivisa in quattro distretti che avevano per capoluoghi amministrativi locali i centri di Darfo, Cividate, Capo di Ponte, Edolo.